Михаил Васильевич Водопьянов родился в селе Большие Студёнки (сейчас часть города Липецка), в семье крестьянина.
В феврале 1918 года добровольно вступил в Красную Армию. Служил обозным в Дивизионе воздушных кораблей. Участвовал в гражданской войне на фронтах. Воевал против Колчака и Врангеля.
С 1920 года — помощник шофёра.
C 1921 года — шофёр.
С 1925 года — авиационный моторист, затем бортмеханик.
В 1928 году окончил лётную школу «Добролёта».
В 1929 году — окончил Московскую лётно-техническую школу.
В качестве бортмеханика, а затем и лётчика участвовал в экспедициях по борьбе с саранчой на Северном Кавказе и в Казахстане.
В 1929 году первым открыл воздушную линию на остров Сахалин.
С 1931 года работал на Центральном аэродроме в лётном отряде газеты «Правда», доставлявшем газетные матрицы в крупнейшие города СССР. Потом летал на гражданских самолётах по дальним воздушным трассам Москва — Ленинград, Москва — Иркутск, на остров Сахалин.
Зимой 1933 года в испытательном перелёте из Москвы до Петропавловска-Камчатского его самолёт разбился на озере Байкал. Бортмеханик погиб, а М. В. Водопьянов получил сотрясение мозга и множественные переломы (впоследствии только на голову наложили 36 швов).
В 1934 году, после долгой осады правительственной комиссии, добился отправки для участия в спасении челюскинцев. Вместе с В.Галышевым и И.Дорониным совершил перелёт длиной почти 6000 км из Хабаровска в Ванкарем на самолёте Р-5, без штурмана, без радиста, через хребты, через горы, по неимоверно тяжёлой трассе. Из Анадыря трижды летал к терпящим бедствие и вывез 10 человек. За мужество и героизм, проявленные при спасении челюскинцев, 20 апреля 1934 года ему присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина. 4 ноября 1939 года М. В. Водопьянову была вручена медаль «Золотая звезда» № 6.
В 1936—1937 годах совершал полёты в Арктику, был командиром лётного отряда. 21 мая 1937 года, на самолет АНТ-6 (арктический вариант ТБ-3), во время первой высокоширотной советской экспедиции «Север-1», впервые в мире совершил посадку на лёд в районе Северного полюса. Самолет Водопьянова доставил группу зимовщиков, которые организовали первую дрейфующую станцию «Северный полюс» (СП-1). За это был награждён орденом Ленина (статуса дважды Героя Советского Союза в то время ещё не существовало).
Участник советско-финляндской войны 1939—40 в должности командира тяжёлого бомбардировщика ТБ-3. Совершил несколько боевых вылетов, был награждён орденом Красного Знамени.
Участник Великой Отечественной войны: с июля 1941 года — командир 81-й дальнебомбардировочной авиационной дивизии. В ночь с 10 на 11 августа 1941-го лично участвовал во втором налёте на Берлин (в одном экипаже с Э. Пусэпом). Его самолёт Пе-8 был подбит и совершил вынужденную посадку на территории, занятой противником. Через линию фронта вернулся к своим. За большие потери был смещён с должности командира дивизии, но продолжал совершать боевые вылеты как рядовой лётчик.
С 1946 года генерал-майор авиации М. В. Водопьянов — в отставке.
В 1948—1950 годах участвовал в военных высокоширотных экспедициях «Север-1» и «Север-2». В 1949 году был представлен к награждению второй медалью «Золотая Звезда», но получил орден Ленина (из-за секретности награждения).
Жил в Москве. Член Союза писателей, активно занимался литературной деятельностью. Похоронен на Троекуровском кладбище в Москве.