Юрий Яковлевич Перепёлкин родился в Санкт-Петербурге в семье офицера флота, инженера-артиллериста, изобретателя оптических прицелов к орудиям Я. Н. Перепёлкина. После 1917 года семья проживала в Крыму, где Юрий Яковлевич окончил гимназию и начал получать высшее образование. В 1927 году поступил на факультет языкознания и материальной культуры ЛГУ в Санкт-Петербурге. Помимо Египта, в сферу интересов учёного входила история религии (в основном православия), однако эта тематика в СССР была менее перспективной, и его выбор остановился на египтологии, в которой религиозная проблематика составляет основу дисциплины и до конца никогда не закрывалась.
В 1920-е годы Перепёлкин Ю. Я. состоял в египтологическом кружке при ЛГУ, который являлся единственным более или менее регулярным специализированным изданием в стране. Историк-египтолог Большаков А. О. сообщает, что в работе этого сообщества Юрий Яковлевич участие принимал мало, и не желал публиковаться, связывая это с его не удовлетворением научным уровнем кружка, а также с претившему Перепёлкину Ю. Я., как человеку религиозному, господствовавшему в то время духу богоборчества .
После аспирантуры, в 1930 году Перепёлкин защитил диссертацию, тема которой — эпиграфика так называемого амарнского периода (времени правления царя-солнцепоклонника Аменхотепа IV Эхнатона), стала для него главной на всю жизнь.
С 1927 года он работал сотрудником Музея палеографии (впоследствии — часть Института истории книги, документа и письма) АН СССР (МКДП/ИКДП), где занимался изучением памятников письменности Древнего мира и раннего Средневековья из коллекции Лихачёва Н. П., хранителем древневосточной части которой и стал. В 1936 году он опубликовал маленькую брошюру — описание выставки «Письменность Древнего Мира и раннего Средневековья», служившую путеводителем по коллекции. Из этого краткого описания экспонатов видно, насколько зрелым знатоком памятников он уже был и насколько широки были его знания эпиграфиста и историка.
В 1937 году был арестован, а впоследствии и расстрелян в лагерях младший брат Юрия Яковлевича — профессор Перепёлкин Евгений Яковлевич, один из создателей советской солнечной астрономии. Это событие не могло не повлиять на отношение учёного к господствующему строю в государстве, и « … оно сделало Юрия Яковлевича осторожным в быту, но не в науке — его труды всегда были образцом свободы мысли.» (Большаков А. О.)
После закрытия ИКДП в 1938 году Юрий Яковлевич перешёл работать в Ленинградское отделение Института истории АН СССР (ЛО ИИ) и до конца 1940-х годов преподавал в Ленинградском университете. Перепёлкин Ю. Я. был блестящим лектором и на его лекции собирались полные залы, он вёл все основные египтологические курсы, включая чтение текстов, и исторические. Одним из первых его учеников, ставшим профессиональным египтологом, был будущий профессор Восточного факультета и автор единственной русской грамматики египетского языка Петровский Н. С.
В момент начала Великой Отечественной войны учёный преподавал в Ленинградском университете. После начала блокады Ленинграда, где он провел два самых тяжёлых месяца зимы 1941-42 года, Перепёлкин был эвакуирован в Ташкент, где с 1943 года он работал в штате Института востоковедения АН СССР. После войны Перепёлкин вернулся в Ленинград, где до 1949 года он преподавал в ЛГУ, оставаясь сотрудником ИВ АН СССР. В 1951 году переведён в ЛО ИИ, в 1953 году в Сектор рукописей ИВ, в 1956 — снова в ЛО ИИ, а в 1959 — окончательно в ЛО ИВ. Все эти переводы сопровождались сменой плановых тем и осложняли его работу.
До конца своих дней Юрий Яковлевич вел жизнь затворника, оставаясь в стороне от официально одобренных и модных научных направлений, в египтологии он был в основном самоучкой, основывавшимся на немецкой традиции, которую считал наиболее заслуживающей уважения.
Значительную сферу интересов Перепёлкина Ю. Я. составляли социально-экономические исследования Египта эпохи Старого царства (ок. 2707/2657 — 2170/2120 гг. до н. э. ), которые приблизили его к пониманию основ египетской цивилизации. Хотя в первое послевоенное десятилетие вышло всего три статьи Перепёлкина Ю. Я., он становится, наряду с Г. Юнкером, одним из крупнейших в мире исследователей Старого царства.
В первое послевоенное десятилетие Перепёлкин написал несколько глав по истории Древнего Египта для первого тома «Всеобщей истории». Основной же темой исследований Юрия Яковлевича остаётся история солнцепоклонничества Эхнатона. Семнадцатилетнее правление царя-еретика богато эпиграфическими и изобразительными материалами, в то время остававшимися совершенно не систематизированными, и перед Юрием Яковлевичем стояла грандиозная задача создания их хронологии. Подробно проследив развитие титулатур солнечного бога Атона, фараона, и членов его семьи, он создал уникальную в истории египтологии систему датировочных критериев, позволяющих определять время создания памятников с точностью, иногда достигающей месяца. Берлев О. Д. писал, что исследование Перепёлкиным Ю. Я. этого, так называемого амарнского периода, было в основном завершено в эвакуации и закончено по возвращении в Ленинград, Большаков А. О. считает что скорее работа завершалась в 50-ых годах . В 1959 году рукопись, посвящённая этому вопросу, была сдана в издательство, где она задержалась на многие годы, увидев свет лишь в 1967 году под названием «Переворот Амен-хотпа IV» (I часть) . В 1968 году была издана небольшая книжка «Тайна золотого гроба», посвященная событиям, происходившим после смерти Эхнатона, позже она была опубликована издательством «Наука» в английском переводе.
Академик Лихачёв Д. С. называл Перепёлкина Ю. Я. крупнейшим в мире египтологом . В своём письме на имя заместителя Главного ученого секретаря Президиума АН СССР академика Бромлея Ю. В., от 25 июня 1980 года, он просит в третий раз не сокращать Перепёлкина Ю. Я. по возрасту (ему тогда исполнилось 77 лет) из системы Академии наук, в связи с его активной работой и участием в повышении квалификации молодых ученых-востоковедов, для которых многие важные области египтологии могут останутся недоступными в связи с его уходом .
Исследователи творчества Ю. Я. Перепелкина указывают на наличие у ученого некоторых психофизических особенностей, накладывавших отпечаток на его методы работы, и не всегда способствовавших его адекватной социализации в кругу коллег.
«Явления этих трансцендентных персонажей, которые снились Ю. Я. Перепёлкину в детстве, потом стали вызывать у него особые психофизиологические состояния», — продолжает исследователь. В этих состояниях учёный как бы проникал в отдалённую эпоху, описывая её изнутри. «Дарования Юрия Яковлевича поражали в такой степени, что, казалось, должны были вызвать интерес к самой психофизиологической природе этого человека. Сила его проникновения в далёкий мир прошлого была способна внушить специалисту почти мистический трепет». Психофизиологические особенности Ю. Я. Перепёлкина находили и графологическое подтверждение: свои рукописи он выводил «каллиграфическим почерком, напоминающим византийский минускул IX века».
К этим же особенностям восходит и конфликт Ю. Я. Перепёлкина с ведущим египтологом страны, академиком В. В. Струве. По воспоминаниям Б. Б. Пиотровского, Ю. Я. Перепёлкин стал его «упрямым оппонентом» ещё со студенческой скамьи. При этом поводы для претензий иногда уходили далеко за пределы египтологии и востоковедения. «Василий Васильевич [Струве] говорил по-немецки, но делал ошибки, при том иной раз довольно грубые», — утверждал Ю. Я. Перепёлкин. — Он хуже вас знал, хотя он был немец? — удивился Б. Б. Пиотровский. Перепёлкин парировал: «Выходит, что так. Он здесь разучился говорить. У меня же фотографическая память!».
Сочетание в Ю. Я. Перепёлкине качеств выдающегося учёного и «совершенно своеобычного» человека отмечал и востоковед И. М. Дьяконов. Тот, кто встречался с Ю. Я. Перепёлкиным случайно, «видел только черты внешнего чудачества», начиная от непрестанного переумывания рук (как правило, скрываемых в перчатках) и рукопожатий, «представляющих целый обряд». «Что в нём содержалось — было полностью скрыто внутри, и мне понадобилось полвека, чтобы понять и оценить его» — заключает учёный.
1968 год:
1976 год:
1978 год:
1979 год:
1983 год:
1988 год:
2000 год:
2001 год: