В 1859 получил приглашение Вашингтонского университета в Сент-Луисе занять должность профессора математики и астрономии. Шовене математическими выкладками подтвердил планы Джеймса Б. Идса по строительству первого моста через реку Миссисипи в Сент-Луисе. В 1862, в разгар Гражданской войны попечительский совет университета избрал его канцлером (ректором), на этом посту Шовене проработал до 1869.
Был вице-президентом Национальной академии наук, президентом Американской ассоциации содействия развитию науки, а также членом Американской академии наук и искусств и Американского философского общества.