Родился в Берлине, образование получил в университетах Берлина и Базеля. С 1862 работал в Лейпциге, с 1866 — профессор астрофизики Лейпцигского университета. В 1869 году избран членом Саксонской академии наук.
Основные труды в области фотометрии, заложил основы современной астрофотометрии. В 1860 описал оптическую иллюзию, впоследствии названную его именем. В 1861 изобрел визуальный звездный фотометр, который нашёл широкое применение в астрономии. В фотометре Цёлльнера блеск звезды сравнивается с блеском искусственной звезды, варьируемый с помощью поляризационных призм.
Выполнил точную фотометрию многих звезд. Измерил поверхностные яркости Луны и планет и изучил их изменения в зависимости от наблюдаемой фазы; на основании этих измерений нашел, что поверхность Луны не является гладкой. Предпринял первые попытки измерить цвета звезд и планет. Разработал оборудование для спектроскопических измерений протуберанцев и для более точной локализации спектральных линий Солнца. Одним из первых наблюдал протуберанцы на Солнце при помощи спектроскопа. Ряд его работ посвящен строению комет и атмосферы Солнца, вспышкам новых звезд. Инициировал создание Боткампской обсерватории.
Выдвинул гипотезу об электрической природе гравитации, возникающей от ничтожного избытка элементарных сил притяжения зарядов двух тел над силами отталкивания. Приняв, что гравитация имеет электрическую природу и распространяется со скоростью света, применил формулу Вебера к гравитации, ввёл зависимость силы тяготения от взаимного движения тел и впервые объяснил на основе этой зависимости вековое смещение перигелия Меркурия, рассчитав его величину, сопоставимую с реальной.
В последние годы жизни увлекался спиритизмом, провёл ряд спиритических сеансов, с помощью которых предполагал получить доказательства существования четвертого измерения. Эта деятельность вызвала резкую критику со стороны научного сообщества.
В его честь назван кратер на Луне.