Родился в селе Покровское-Рубцово в семье крепостного крестьянина. В 1718 году подал царю Петру I челобитную, в которой утверждал, что
В 1720-1721 годах по указанию Петра I построил сперва модель, а затем, в 1721-1724 годах и полноразмерное подводное «Потаённое судно», ставшее первой российской подводной лодкой.
Никонов являлся командиром экипажа из четырёх человек и под его руководством осуществлялись пробные погружения.
Первые испытания судна, в присутствии Петра I, прошли осенью 1724 года и закончились аварией: при ударе о грунт дно корабля оказалось проломлено.
Весной 1725 года судно было спущено на воду после ремонта, но обнаруженная течь не позволила провести погружение.
Третий раз Никонов испытывал своё судно в 1727 году.
После смерти Петра I впал в опалу. В 1728 году был разжалован из мастеров в рядового плотника и сослан на Астраханскую верфь.