В 1845 году получил учёную степень в Гарвардском университете и затем стал ассистентом своего отца в обсерватории. С 1859 года и до смерти в 1865 году являлся преемником своего отца на посту директора обсерватории Гарвардского университета. Его двоюродный брат Эдвард Синглтон Холден был первым директором Ликской обсерватории. В 1848 году вместе с отцом обнаружил спутник Сатурна Гиперион. Был основателем фотографической фотометрии. Он, его отец и фотограф главного госпиталя Массачусетса Джон Адамс Уиппл сделали первую фотографию звезды. В ночь с 16 на 17 июля 1850 года был сделан снимок (дагерротип) Веги. Кроме того, Дж. Бонд обнаружил многие кометы и вычислил их орбиты. Он изучал планету Сатурн и туманность Ориона. В 1865 году Дж. Бонд был награждён Золотой медалью Королевского астрономического общества. Умер от туберкулёза.