В армии — с 1951 года, в 1954 году окончил Кировобадское военное авиационное училище лётчиков им. Хользунова. Член Коммунистической партии Советского Союза с 1959 года.
6 апреля 1966 года лётчик совершал полёт на Як-28 вместе со штурманом Ю. Н. Яновым, когда на высоте 4000 метров отказали двигатели, и реактивный самолёт стал падать. Чтобы не допустить падения самолёта на жилые кварталы Западного Берлина, Капустин и Янов отказались от катапультирования. Капустин старался вывести машину в безопасное место и это удалось — самолёт упал в озеро Штёссензее.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 мая 1966 года Капустин и Янов награждёны орденами Красного Знамени, посмертно.
Дома у Капустина остались жена Галина Андреевна и сын Валерий.
Именем Бориса Владиславовича Капустина в Ростове-на-Дону названы улица Ворошиловского района города и лицей № 51.
О подвиге написана песня Огромное небо (музыка О. Фельцмана, слова Р. Рождественского, исп. Эдита Пьеха) и создан одноимённый мультфильм.