Аммоний Гермий — сын Гермия Александрийского и Эдесии. Гермий Александрийский умер, когда Аммоний был ещё ребенком; достигнув совершеннолетия, Аммоний, вместе с братом Гелиодором, в сопровождении Эдесии, отправился в Афины заниматься философией у Прокла. Вернувшись в Александрию, Аммоний стал во главе Александрийской школы и преподавал Платона и Аристотеля до конца жизни.
По сообщениям Дамаския, во время нападок христиан на язычников, имевших место во второй половине 480-х, Аммонию пришлось пойти на уступки местным христианским властям, чтобы получить позволение продолжать свои лекции. (Дамаский, который за это Аммония осуждает, тем не менее, не сообщает, на какие именно уступки Аммонию пришлось идти.) По сообщениям Олимпиодора Младшего известно, что Аммоний таким образом продолжал преподавание до 515.
Аммоний также занимался астрономией; читал лекции по Птолемею и написал трактат об использовании астролябии.
Известные ученики Аммония — Асклепий Тралльский, Дамаский, Олимпиодор Младший, Симпликий, Иоанн Филопон.
От многочисленных сочинений Аммония сохранились только комментарии к «Об истолковании» Аристотеля. Аммонию спорно приписывается комментарий к «Введению» Порфирия. Сохранились записи лекций Аммония по Аристотелю: